-
humanitaarteaduste ja kunstide valdkondJakobi 2, r 116-121, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTJakobi 2, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTJakobi 2, IV korrus, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTJakobi 2, III korrus, ruumid 302-337, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÜlikooli 16, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÜlikooli 18, 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTLossi 3, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTPosti 1, 71004 Viljandi linn, Viljandimaa ESTJakobi 2, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTJakobi 2, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTsotsiaalteaduste valdkondLossi 36, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTJakobi 5, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTLossi 36, ruum 301, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNarva mnt 18, 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNäituse 2, 50409 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNäituse 20 - 118, 50409 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTLossi 36, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTRaekoja plats 2, 20307 Narva linn, Ida-Virumaa ESTRingi 35, 80012 Pärnu linn, Pärnu linn, Pärnumaa ESTLossi 36, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTLossi 36, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTmeditsiiniteaduste valdkondRavila 19, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTBiomeedikum, Ravila 19, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNooruse 1, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTL. Puusepa 1a, 50406 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTL. Puusepa 8, 50406 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTRavila 19, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTUjula 4, 51008 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTRavila, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTRavila 19, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTloodus- ja täppisteaduste valdkondVanemuise 46 - 208, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNarva mnt 18, 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTMäealuse 14, 12618 Tallinn, Harjumaa ESTRavila 14a, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNarva mnt 18, 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTRiia 23, 23b - 134, 51010 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTObservatooriumi 1, 61602 Tõravere alevik, Nõo vald, Tartumaa ESTNooruse 1, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTJ. Liivi tn 2, 50409 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNooruse 1, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTRiia 23b/2, 51010 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTVanemuise 46, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTVanemuise 46, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTrektori tegevusvaldkondÜlikooli 18, 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTõppeprorektori tegevusvaldkondUppsala 10, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÜlikooli 18b, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÜlikooli 18a (III korrus), 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTteadusprorektori tegevusvaldkondW. Struve 1, 50091 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTkantsleri tegevusvaldkondUppsala 10, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÜlikooli 18, ruumid 102, 104, 209, 210, 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÜlikooli 18A (III korrus), 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTfinantsjuhi tegevusvaldkondJakobi 4, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÜlikooli 17, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTarendusprorektori tegevusvaldkondÜlikooli 18, ruum 305, 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTLossi 25, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTVanemuise 46, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNarva mnt 18, 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTakadeemilise sekretäri tegevusvaldkondUppsala 6, Lossi 36, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST
Faagikollektsioon CEPEST
Pseudomonas putida’t nakatavate Eestist eraldatud keskkonnafaagide kollektsioon (CEPEST). P. putida on biotehnoloogiliselt oluline bakter, mida saab kasutada bioremediatsioonis või polümeeride biotootmises tänu tema robustsele ja mitmekülgsele ainevahetusele ja kõrgele stressitaluvusele. P. putida on ka loomulikult vastupidav faagide (baktereid spetsiifiliselt nakatavad viirused, bakteriofaagid) nakkustele, mistõttu oli senini avastatud vaid mõned üksikud P. putida faagid. Kollektsiooni loomisega alustatigi siis, kui P. putida faagikaitse uurimiseks tekkis vajadus faagide eraldamiseks. Loe lisa: Isolation and characterization of a phage collection against Pseudomonas putida. Päisepilt: TEM-pilt CEPEST-faagide esimese üheksa perekonna morfoloogiast. Pilt pärineb eelnevalt mainitud artiklist.
| Image
|
Esimene osa CEPEST faagikollektsioonist avaldati 2024. aastal, kuid faagieraldamine jätkub. 2024. aasta veebruaris oli kollektsioonis 67 faagitüve 23 erinevast liigist (≥ 95 % genoomi samasusega) ja kuulusid 9 perekonda (≥ 70 % genoomi samasusega). Kõik avaldatud faagid on obligatoorselt lüütilised ja neil on väga kitsas peremeesring. Faagide eraldamiseks kasutatud keskkonnaproovid pärinesid Eestist, peamiselt Tartu ümbrusest.
Pildil: teadlane keskkonnaproovi kogumas. Foto: Andres Ainelo
Täienenud teadmised P. putida faagikaitsemehhanismidest on andnud meile võimaluse kasutada faagide eraldamisel nõrgestatud bakteritüvesid ja kollektsiooni laiendada. 2025. aasta lõpuks sisaldas pidevalt uuenev kollektsioon juba üle 180 faagi — 74 liigist ja 28 perekonnast. Peamiselt on „faagijahil“ kasutatud Eesti keskkonnaproove, lisaks mõningad proovid Soomest, Lätist ja Poolast (Joonis 2).
Eraldamise protseduur
Eraldamiseks on vaja vaid väikest proovikogust – ca 50-100 ml vett või ~20 g mulda, eelistatult peremehe loomuliku elukeskkonna lähedalt (nt P. putida elukoha järgi mulla või taimede juurevöönd). Lisaks rikastamisele kasutatakse mõnikord ka sadestusmeetodit (ebaefektiivse faagi nakkustsükli korral). Rikastamise või sadestamise järel visualiseeritakse faagid tänu nende võimele baktereid lüüsida, tekitades bakterikihil selged faagilaigud (Joonis 3).
Avaldatud faagide genoomid on kättesaadavad NCBI BioProject #PRJNA1067406 kaudu.
