Kaspar Reier kaitseb doktoritööd „Quantity, stability and disparity of ribosomal components in Escherichia coli stationary phase“

20. novembril kell 14.15 kaitseb Kaspar Reier molekulaarbioloogia erialal doktoritööd „Quantity, stability and disparity of ribosomal components in Escherichia coli stationary phase“ („Muutused ribosoomi ja ribosoomiga seotud valkude kogustes soolekepikese statsionaarses kasvufaasis“). 

Juhendajad

Image

kaasprofessor Aivar Liiv, Tartu Ülikool

kaasprofessor Jaanus Remme, Tartu Ülikool

Oponent

professor Suparna Chandra Sanyal, molekulaarbioloogia osakonna juhataja, Uppsala Ülikool (Rootsi)

Kokkuvõte

Ribosoomid on molekulaarsed kompleksid, mis esinevad kõikides elusorganismides. Ribosoomide ülesandeks eluslooduses on valkude süntees. Valgud on aminohapetest koosnevad polümeerid, mis viivad läbi mitmeid funktsioone bioloogias. Osadel valkudel on katalüütiline aktiivsus, samas teistel on mehhaaniline või struktuurne roll eluslooduses. Huvitaval kombel koosnevad ribosoomid ise valkudest, ergo nende peamise funktsiooni, valgusünteesi produkt, on vajalik nende endi efektiivseks funktsioneerimiseks. R-valkude uurimine on hädavajalik selleks, et mõista molekulaarseid mehhanisme, nagu näiteks antibiootikumide resistentsus, valgusünteesi regulatsioon ja kontroll ning ribosoomide kokkupanemine ja lagundamine. Selles töös uuriti ribosoomide stabiilsust ning võimekust valke sünteesida statsionaarses kasvufaasis, ennekõike keskendudes r-valkudele. Statsionaarne kasvufaas kirjeldab bakterite elutsükli osa, kus nende kasv on piiratud. Töös on näidatud kuidas mudelorganismi Soolekepikese ribosoomide valguline koostis muutub üleminekul statsionaarsesse kasvufaasi. Huvitaval kombel muutub ribosoomide valguline koostis mitte ainult statsionaarse kasvufaasi alguses, vaid ka statsionaarse kasvufaasi süvenedes. Korrelatsioonis ribosoomi valgulise koostise muutusega, näeme ka ribosoomi valgu sünteesi aktiivsuse muutust statsionaarse kasvufaasi käigus. Lisaks sellele näitame kuidas erineb individuaalsete r-valkude stabiilsus statsionaarses kasvufaasis. Stabiilsuse põhjal jagunevad r-valgud kahte gruppi: 30 stabiilset r-valku ning 21 ebastabiilset r-valku. Saadud tulemused täiendavad meie teadmisi ribosoomide ning nende poolt läbi viidava valgusünteesi kohta mitte-optimaalsetes kasvu tingimustes.