Meie töögrupp uurib eri tüüpi reostuse ja keskkonnamuutuste mõju vee- ja mulla mikroobikooslustele. Meie peamiseks uurimissuunaks on nafta ja naftasaaduste biolagunemisega seotud mikrobioom Läänemeres ja Arktilistes meredes. Lisaks sellele uurime mulla ja taime mikrobioomide kohanemist kliima – ja maakasutusmuutustega subarktilistes ja boreaalsetes ökosüsteemides. Meil on pikaajaline kogemus keskkonna biotehnoloogial põhinevate meetodite rakendamisel orgaaniliste saasteainete koguse vähendamiseks pinnases ja vees ning antibiootikumiresistentsuse leviku uurimisel keskkonnas. Lisaks looduslikest keskkondadest võetud proovide analüüsile rakendame oma uurimustes ka eksperimentaalseid katsesüsteeme. Mikroobikoolsuste liigilise koosseisu ja funktsionaalse võimekuse kirjeldamisel kasutame põhiliselt DNA-l ja RNA-l põhinevaid meetodeid, sealhulgas geenide kvantifitseerimine ning uue põlvkonna järjestamise tehnoloogiad.
Marcos-Zambrano, L. J., Karaduzovic-Hadziabdic, K., Loncar Turukalo, T., Przymus, P., Trajkovik, V., Aasmets, O., … Truu, J. (2021). Applications of Machine Learning in Human Microbiome Studies: A Review on Feature Selection, Biomarker Identification, Disease Prediction and Treatment. Frontiers in Microbiology, Vol. 12, p. 313. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.634511
Tiirik, K., Nõlvak, H., Truu, M., Peeb, A., Kõiv-Vainik, M., & Truu, J. (2021). The Effect of the Effluent from a Small-Scale Conventional Wastewater Treatment Plant Treating Municipal Wastewater on the Composition and Abundance of the Microbial Community, Antibiotic Resistome, and Pathogens in the Sediment and Water of a Receiving Stream http://dx.doi.org/10.3390/w13060865
The Effect of the Effluent from a Small-Scale Conventional Wastewater Treatment Plant Treating Municipal Wastewater on the Composition and Abundance of the Microbial Community, Antibiotic Resistome, and Pathogens in the Sediment and Water of a Receiving Stream. Water, 13(6), 865. https://doi.org/10.3390/w13060865
Truu, M., Nõlvak, H., Ostonen, I., Oopkaup, K., Maddison, M., Ligi, T., … Truu, J. (2020). Soil bacterial and archaeal communities and their potential to perform N-cycling processes in soils of boreal forests growing on well-drained peat. Frontiers in Microbiology, 11, 3112. https://doi.org/10.3389/FMICB.2020.591358
Kanger, K., Guilford, N. G. H., Lee, H. W., Nesbø, C. L., Truu, J., & Edwards, E. A. (2020). Antibiotic resistome and microbial community structure during anaerobic co-digestion of food waste, paper and cardboard. FEMS Microbiology Ecology, 96(2). https://doi.org/10.1093/femsec/fiaa006
Jørgensen, K. S., Kreutzer, A., Lehtonen, K. K., Kankaanpää, H., Rytkönen, J., Wegeberg, S., … Wang, F. (2019). The EU Horizon 2020 project GRACE: integrated oil spill response actions and environmental effects. Environmental Sciences Europe, 31(1), 44. https://doi.org/10.1186/s12302-019-0227-8