Keskkonna mikrobioloogia ja biotehnoloogia uurimisgrupp

Meie töögrupp uurib eri tüüpi reostuse ja keskkonnamuutuste mõju vee- ja mulla mikroobikooslustele. Meie peamiseks uurimissuunaks on nafta ja naftasaaduste biolagunemisega seotud mikrobioom Läänemeres ja Arktilistes meredes. Lisaks sellele uurime mulla ja taime mikrobioomide kohanemist kliima – ja maakasutusmuutustega subarktilistes ja boreaalsetes ökosüsteemides. Meil on pikaajaline kogemus keskkonna biotehnoloogial põhinevate meetodite rakendamisel orgaaniliste saasteainete koguse vähendamiseks pinnases ja vees ning antibiootikumiresistentsuse leviku uurimisel keskkonnas. Lisaks looduslikest keskkondadest võetud proovide analüüsile rakendame oma uurimustes ka eksperimentaalseid katsesüsteeme. Mikroobikoolsuste liigilise koosseisu ja funktsionaalse võimekuse kirjeldamisel kasutame põhiliselt DNA-l ja RNA-l põhinevaid meetodeid, sealhulgas geenide kvantifitseerimine ning uue põlvkonna järjestamise tehnoloogiad.

  1. Nõlvak, H., Dang, N.P.,Truu, M., Peeb, A. Devarajan, A.K., Petrich, C., O’Sadnick, M., Tiirik, K., Truu, J. Microbial succession and hydrocarbon-degrading potential in Arctic sea ice exposed to dispersed crude oil and chemical dispersant. FEMS Microbes, Volume 7, 2026
  2. Widera, B., Tyszkiewicz, N., Truu, J., Rutkowski, P., Młynarz, P., Pasternak, G. Relationship between biodiversity and power generated by anodic bacteria enriched from petroleum-contaminated soil at various potentials. International Biodeterioration & Biodegradation, Volume 194, 2024
  3. Tyszkiewicz, N., Truu, J., Młynarz, P., Pasternak, G. The influence of benzene on the composition, diversity and performance of the anodic bacterial community in glucose-fed microbial fuel cells. Frontiers in Microbiology, Volume 15, 2024
  4. Rantanen, N. K., Reunamo, A., Kjellberg, M. A., Rumbin, O., Truu, J., Kiljunen, H., … Vanninen, P. (2024). Transformation of phenylarsenic chemical warfare agents and their effect on bacterial communities in Baltic Sea sediment. Journal of Hazardous Materials, 464, 132935
  5. Menert, Anne & Korb, Triin & Orupõld, Kaja & Teemusk, Alar & Sepp, Holar & Mander, Ülo & Ilmjärv, Tanel & Truu, Jaak & Paiste, Päärn & Kirsimäe, Kalle & Menert, Terje & Kamenev, Inna & Heinaru, Eeva & Heinaru, Ain & Sipp, Sirli & Kivisaar, Maia. (2023). Methanogenesis and metal leaching on anaerobic decomposition of graptolite argillite. Environmental Technology & Innovation. 31
  6. Marcos-Zambrano, L. J., Karaduzovic-Hadziabdic, K., Loncar Turukalo, T., Przymus, P., Trajkovik, V., Aasmets, O., … Truu, J. (2021). Applications of Machine Learning in Human Microbiome Studies: A Review on Feature Selection, Biomarker Identification, Disease Prediction and Treatment. Frontiers in Microbiology, Vol. 12, p. 313
  7. Tiirik, K., Nõlvak, H., Truu, M., Peeb, A., Kõiv-Vainik, M., & Truu, J. (2021). The Effect of the Effluent from a Small-Scale Conventional Wastewater Treatment Plant Treating Municipal Wastewater on the Composition and Abundance of the Microbial Community, Antibiotic Resistome, and Pathogens in the Sediment and Water of a Receiving Stream. Water 2021, 13(6), 865
  8. The Effect of the Effluent from a Small-Scale Conventional Wastewater Treatment Plant Treating Municipal Wastewater on the Composition and Abundance of the Microbial Community, Antibiotic Resistome, and Pathogens in the Sediment and Water of a Receiving Stream. Water, 13(6), 865
  9. Truu, M., Nõlvak, H., Ostonen, I., Oopkaup, K., Maddison, M., Ligi, T., … Truu, J. (2020). Soil bacterial and archaeal communities and their potential to perform N-cycling processes in soils of boreal forests growing on well-drained peat. Frontiers in Microbiology, 11, 3112
  10. Kanger, K., Guilford, N. G. H., Lee, H. W., Nesbø, C. L., Truu, J., & Edwards, E. A. (2020). Antibiotic resistome and microbial community structure during anaerobic co-digestion of food waste, paper and cardboard. FEMS Microbiology Ecology, 96(2)
  11. Jørgensen, K. S., Kreutzer, A., Lehtonen, K. K., Kankaanpää, H., Rytkönen, J., Wegeberg, S., … Wang, F. (2019). The EU Horizon 2020 project GRACE: integrated oil spill response actions and environmental effects. Environmental Sciences Europe, 31(1), 44

Novaator 15.06.2026 Levinud naftatõrjemeetod jääb arktilistes oludes hätta

Soojenev kliima muudab Arktikat jäävabamaks ja on suurendanud piirkonnas nii laevaliiklust kui naftareostuse riski. Muutuvad jääolud võivad aga mõjutada seniste naftareostuse tõrjevahendite toimivust, selgub Tartu ja Norra teadlaste värskest uuringust.


Teadussaade Labor (Vikerraadio) 25.02.2024: Intervjuu professor Jaak Truuga keemiarelvamikroobidest

Stuudios räägiti, kuidas bakterid töötlevad Läänemerre uputatud keemiarelvadest lekkivaid mürke.


Novaator 17.01.2024: Läänemere reostusi võivad aidata tõrjuda naftasööjast bakterid

Tartu Ülikooli mikrobioloogia professor Jaak Truu nendib, et Läänemeres on naftat lagundavaid baktereid uuritud väga vähe. Sellega tegeleb praegu tema viie liikmeline uurimisrühm. Kuigi taolised organismid tulevad reostustõrjes kasuks, pole bakterite suunatud rakendamine tema sõnul sugugi lihtne. Sellegipoolest on neid maailmas varem naftareostuse puhul appi võetud ja jätkuvalt uuritakse ka võimalust nende geneetilisest muundamisest.


Novaator 18.09.2018: Mikroobid suudavad lagundada merre sattunud naftat

Rahvusvahelise projekti GRACE raames uurisid teiste hulgas ka eesti teadlased, kuidas naftareostus levib ja kuidas sellest lahti saada, seda eriti külmadel arktilistel alade.Rahvusvahelise projekti GRACE raames uurisid teiste hulgas ka eesti teadlased, kuidas naftareostus levib ja kuidas sellest lahti saada, seda eriti külmadel arktilistel aladel.

MUNIMAP: Läänemerre uputatud relvastuse käitlemise teekaart
Kestvus: 2024 – 2027
Rahastaja: Läänemere piirkonna riikidevahelise koostöö programm

Läänemere uputatud lõhkeained ja keemiarelvad kujutavad tõsist ohtu mereelustikule ja takistavad meremajandust. MUNIMAPi eesmärk on kiirendada ja koordineerida protsesse selle probleemiga tegelemiseks, luues paindliku tegevuskava uputatud lahingumoona käsitlemiseks Läänemeres, mis koondab poliitikat, haldust ja erinevaid saneerimismeetodeid. Uputatud lahingumoona käitlemine on keeruline, kuid keskkonnamõju leevendamiseks ülioluline, nõudes täpseid samme selle leidmiseks, klassifitseerimiseks ja ohutuks kõrvaldamiseks, kasutades parimat võimalikku tehnikat ja keskkonnatavasid.