Keskkonna mikrobioloogia ja biotehnoloogia uurimisgrupp
Meie töögrupp uurib eri tüüpi reostuse ja keskkonnamuutuste mõju vee- ja mulla mikroobikooslustele. Meie peamiseks uurimissuunaks on nafta ja naftasaaduste biolagunemisega seotud mikrobioom Läänemeres ja Arktilistes meredes. Lisaks sellele uurime mulla ja taime mikrobioomide kohanemist kliima – ja maakasutusmuutustega subarktilistes ja boreaalsetes ökosüsteemides. Meil on pikaajaline kogemus keskkonna biotehnoloogial põhinevate meetodite rakendamisel orgaaniliste saasteainete koguse vähendamiseks pinnases ja vees ning antibiootikumiresistentsuse leviku uurimisel keskkonnas. Lisaks looduslikest keskkondadest võetud proovide analüüsile rakendame oma uurimustes ka eksperimentaalseid katsesüsteeme. Mikroobikoolsuste liigilise koosseisu ja funktsionaalse võimekuse kirjeldamisel kasutame põhiliselt DNA-l ja RNA-l põhinevaid meetodeid, sealhulgas geenide kvantifitseerimine ning uue põlvkonna järjestamise tehnoloogiad.
-
Menert, Anne & Korb, Triin & Orupõld, Kaja & Teemusk, Alar & Sepp, Holar & Mander, Ülo & Ilmjärv, Tanel & Truu, Jaak & Paiste, Päärn & Kirsimäe, Kalle & Menert, Terje & Kamenev, Inna & Heinaru, Eeva & Heinaru, Ain & Sipp, Sirli & Kivisaar, Maia. (2023). Methanogenesis and metal leaching on anaerobic decomposition of graptolite argillite. Environmental Technology & Innovation. 31. https://doi.org/10.1016/j.eti.2023.103139
-
Marcos-Zambrano, L. J., Karaduzovic-Hadziabdic, K., Loncar Turukalo, T., Przymus, P., Trajkovik, V., Aasmets, O., … Truu, J. (2021). Applications of Machine Learning in Human Microbiome Studies: A Review on Feature Selection, Biomarker Identification, Disease Prediction and Treatment. Frontiers in Microbiology, Vol. 12, p. 313. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.634511
-
Tiirik, K., Nõlvak, H., Truu, M., Peeb, A., Kõiv-Vainik, M., & Truu, J. (2021). The Effect of the Effluent from a Small-Scale Conventional Wastewater Treatment Plant Treating Municipal Wastewater on the Composition and Abundance of the Microbial Community, Antibiotic Resistome, and Pathogens in the Sediment and Water of a Receiving Stream http://dx.doi.org/10.3390/w13060865
-
The Effect of the Effluent from a Small-Scale Conventional Wastewater Treatment Plant Treating Municipal Wastewater on the Composition and Abundance of the Microbial Community, Antibiotic Resistome, and Pathogens in the Sediment and Water of a Receiving Stream. Water, 13(6), 865. https://doi.org/10.3390/w13060865
-
Truu, M., Nõlvak, H., Ostonen, I., Oopkaup, K., Maddison, M., Ligi, T., … Truu, J. (2020). Soil bacterial and archaeal communities and their potential to perform N-cycling processes in soils of boreal forests growing on well-drained peat. Frontiers in Microbiology, 11, 3112. https://doi.org/10.3389/FMICB.2020.591358
-
Kanger, K., Guilford, N. G. H., Lee, H. W., Nesbø, C. L., Truu, J., & Edwards, E. A. (2020). Antibiotic resistome and microbial community structure during anaerobic co-digestion of food waste, paper and cardboard. FEMS Microbiology Ecology, 96(2). https://doi.org/10.1093/femsec/fiaa006
-
Jørgensen, K. S., Kreutzer, A., Lehtonen, K. K., Kankaanpää, H., Rytkönen, J., Wegeberg, S., … Wang, F. (2019). The EU Horizon 2020 project GRACE: integrated oil spill response actions and environmental effects. Environmental Sciences Europe, 31(1), 44. https://doi.org/10.1186/s12302-019-0227-8
Intervjuu professor Jaak Truuga keemiarelvamikroobidest
Stuudios räägiti, kuidas bakterid töötlevad Läänemerre uputatud keemiarelvadest lekkivaid mürke.
Teadussaade Labor (Vikerraadio) 25.02.2024
Läänemere reostusi võivad aidata tõrjuda naftasööjast bakterid
Tartu Ülikooli mikrobioloogia professor Jaak Truu nendib, et Läänemeres on naftat lagundavaid baktereid uuritud väga vähe. Sellega tegeleb praegu tema viie liikmeline uurimisrühm. Kuigi taolised organismid tulevad reostustõrjes kasuks, pole bakterite suunatud rakendamine tema sõnul sugugi lihtne. Sellegipoolest on neid maailmas varem naftareostuse puhul appi võetud ja jätkuvalt uuritakse ka võimalust nende geneetilisest muundamisest.
Novaator 17.01.2024
