P. putida poomisvastuse rolli uurimisgrupp

Keskendume peamiselt bakterite poomisvastuse uurimisele. Poomisvastus on bakterite üks levinumaid ja universaalsemaid stressimehhanisme. Poomisvastuse regulaatoriks on alarmoon (p)ppGpp, mida toodavad bakteris RSH (RelA-SpoT homoloog) valgud. Kui (p)ppGpp tase tõuseb, aeglustub bakteri elutegevus, mis võimaldab stressiolukorda kergemini üle elada.
Üheks levinud bakterite stressoriks on viirused ehk faagid. Kui lüütiline faag bakterit nakatab, suunab ta bakteri elutegevuse ümber tootma uusi viiruseid, mille küpsemine ja rakust vabanemine põhjustab peremeesbakteri surma. Lüsogeensed faagid suudavad aga siseneda bakteri genoomi profaagina ja paljuneda ühes bakteriga. Profaagid võivad kaitsta bakterit teiste viiruste rünnakute eest, kuid samas võivad genoomis pesitsevad profaagid ka elutsüklit vahetada ja siseneda lüütilisse faasi. Mis täpselt suunab selliste faagide elutsüklivalikut ei ole veel täielikult teada. Samuti on avastamata paljud faagivastased kaitsemehhanismid. On arvatud, et poomisvastus võib olla oluline nii faagivastases kaitses kui ka lüsogeensete faagide elutsükli valikus.
Olen hiljuti naasnud järeldoktorantuurist, kus uurisin poomisvastuse regulatsiooni molekulaarsel tasemel. Siinse grupiga aga plaanin läheneda sellele stressivastusele veidi teise nurga alt, nimelt püüame välja selgitada poomisvastuse võimalikku rolli faagivastases kaitses ja tähtsust lüsogeensete faagide elutsüklivahetuses.
 

Päises kasutatud skeem: Pseudomonas putida poomisvastus (autor: Hedvig Tamman)