P. putida poomisvastuse rolli uurimisgrupp
Keskendume peamiselt bakterite poomisvastuse uurimisele. Poomisvastus on bakterite üks levinumaid ja universaalsemaid stressimehhanisme. Poomisvastuse regulaatoriks on alarmoon (p)ppGpp, mida toodavad bakteris RSH (RelA-SpoT homoloog) valgud. Kui (p)ppGpp tase tõuseb, aeglustub bakteri elutegevus, mis võimaldab stressiolukorda kergemini üle elada.
Üheks levinud bakterite stressoriks on viirused ehk faagid. Kui lüütiline faag bakterit nakatab, suunab ta bakteri elutegevuse ümber tootma uusi viiruseid, mille küpsemine ja rakust vabanemine põhjustab peremeesbakteri surma. Lüsogeensed faagid suudavad aga siseneda bakteri genoomi profaagina ja paljuneda ühes bakteriga. Profaagid võivad kaitsta bakterit teiste viiruste rünnakute eest, kuid samas võivad genoomis pesitsevad profaagid ka elutsüklit vahetada ja siseneda lüütilisse faasi. Mis täpselt suunab selliste faagide elutsüklivalikut ei ole veel täielikult teada. Samuti on avastamata paljud faagivastased kaitsemehhanismid. On arvatud, et poomisvastus võib olla oluline nii faagivastases kaitses kui ka lüsogeensete faagide elutsükli valikus.
Olen hiljuti naasnud järeldoktorantuurist, kus uurisin poomisvastuse regulatsiooni molekulaarsel tasemel. Siinse grupiga aga plaanin läheneda sellele stressivastusele veidi teise nurga alt, nimelt püüame välja selgitada poomisvastuse võimalikku rolli faagivastases kaitses ja tähtsust lüsogeensete faagide elutsüklivahetuses.
Päises kasutatud skeem: Pseudomonas putida poomisvastus (autor: Hedvig Tamman)
It’s viruses all the way down: a conversation with Hsiao-Han Chang, Gytis Dudas, and Hedvig Tamman 30.10.23 (EMBO podcast)
Venekeelne Aktuaalne Kaamera 08.09.2023 intervjuu Hedvig Tammaniga saadud uurimisgrandist (alates 19:10)
Research in Estonia, University of Tartu researcher receives prestigious grant to study the arms race between bacteria and viruses 12.09.2023
Euroopa teadusgrantide toel uuritakse TÜ-s baktereid ja rasvumist 07.09.2023 (Med24 uudised)
Scienmag University of Tartu researcher receives prestigious grant to study the arms race between bacteria and viruses 06.09.2023
invesBrain 06.09.2023 University of Tartu researcher receives prestigious ERC Starting Grant to study the arms race between bacteria and viruses
Tartu Ülikooli teadlane pälvis nimeka stardigrandi bakterite ja viiruste vahelise võidurelvastumise uurimiseks 06.09.2023 (ETIS)
Bakterite ja rasvumise uurimine tõid Tartu ülikooli kaasprofessoritele hinnatud uurimistoetused 06.09.2023 (Tartu Postimees)
University of Tartu researcher receives prestigious ERC Starting Grant to study the arms race between bacteria and viruses 06.09.2023 (EurekAlert!)
Tartu teadlane pälvis kopsaka grandi bakterite ja viiruste vahelise võidurelvastumise uurimiseks 05.09.2023 (Postimees Teadus)
Tartu Ülikooli teadlane pälvis nimeka stardigrandi bakterite ja viiruste vahelise võidurelvastumise uurimiseks 05.09.2023 (Tartu Ülikool)
Kuku raadio saade "Kukkuv õun". Stuudios on geneetika kaasprofessor Hedvig Tamman, kes räägib bakterite ja faagide vahelisest võitlusest 05.09.2023 (Kuku raadio)
Bakterid ei tee antibiootikumidest enam välja. Appi tulevad viirused 05.09.2023 (Postimees)
„Kui ikka uks on kõrval lahti, siis ei tasu läbi seina minna!“ 22.02.2023 (blogilugu TÜMRI blogis)
Hedvig Tamman pälvis maineka EMBO installatsioonigrandi 17.01.2023 (artikkel TÜMRI kodulehel)
Märksõnad: Faagikollektsioon, poomisvastus.
Teemad leiad siit.
Teemadest lühidalt:
Pseudomonas putida faagikollektsiooni kirjeldamine - sobib nii bakalaureuse- kui magistriõppe üliõpilasele.
Töö eesmärgiks on Eesti keskkonnaproovidest eraldatud bakteriofaagide kollektsiooni kirjeldamine. Muuhulgas kuulub kirjeldamise juurde faagide temperatuuritundlikkuse määramine, peremeesspetsiifika tuvastamine ning erinevate viirusinfektsiooni parameetrite mõõtmine.
Poomisvastus bakteri ja bakteriofaagi vahelises võidurelvastumises - sobib magistrandile.
Oleme tuvastanud, et poomisvastus, bakterite üldine stressi talumise mehhanism, võib kaitsta baktereid bakteriofaagi nakkuse vastu. Töö eesmärgiks on selgitada välja, kuidas poomisvastus bakterit faaginakkuse eest kaitseb ning kirjeldada mehhanismid millega suudab bakteriofaag poomisvastuse poolt tagatud faagivastasest kaitsest üle saada.
