Bakterite eluvormi uurimisgrupp

Enamik baktereid elavad biofilmis, vähemalt mingil eluperioodil. Uurime kosmopoliitse bakteri, Pseudomonas putida, kinnitumist pinnale ning biofilmi regulatsiooni.

Teada on, et P. putida biofilmi regulatsioonist võtavad osa palju globaalseid regulaatoreid ja efektoreid, nagu FleQ, kahekomponentne süsteem GacS/A, sekundaarne metaboliit cdGMP, Fis jpm. Fis on üks paljudest globaalsetest transkriptsiooniregulaatoriest, mis mõjutab bakteri füsioloogiat sealhulgas osaleb biofilmi regulatsioonis ja mõjutab raku pinnaomadusi. Oleme kindlaks teinud, et Fis vähendab raku pinna hüdrofoobsust, represseerides lapF-i transkriptsiooni; soodustab biofilmi, aktiveerides lapA transkriptsiooni; ning soodustab hingamisahela esimese komponendi NADH dehüdrogenaasi geenide ekspressiooni.

Praegu uurime biofilmi regulaatorite ristregulatsiooni. Täpsemalt, kuidas Fis mõjutab GacS/A signaaliraja komponentide regulatsiooni. Lisaks on tähelepanu all gacS-i ekspressiooni regulatsiooni ekskludoniga, mis oma olemuselt on vastassuunaliselt transkribeeritud mRNAde toimimine asRNA-na. Tähelepanu all on keskkonnafaktorid, mis mõjutavad P. putida biofilmi moodustumist.

 

Päises kasutatud skeem: Pseudomonas putida biofilmi moodustamise regulatsioon (autor: Riho Teras)

Puhm, M., Hendrikson, J., Kivisaar, M., & Teras, R. (2022). Pseudomonas putida Biofilm Depends on the vWFa-Domain of LapA in Peptides-Containing Growth Medium. International journal of molecular sciences23(11), 5898.

Puhm, M., Ainelo, H., Kivisaar, M., & Teras, R. (2022). Tryptone in Growth Media Enhances Pseudomonas putida Biofilm. Microorganisms, 10(3), 618.

Teppo A, Lahesaare A, Ainelo H, Samuel K, Kivisaar M, et al. (2018) Colonization efficiency of Pseudomonas putida is influenced by Fis-controlled transcription of nuoA-N operon. PLoS One 13: e0201841

Ainelo, H., A. Lahesaare, A. Teppo, M. Kivisaar & R. Teras, (2017) The promoter region of lapA and its transcriptional regulation by Fis in Pseudomonas putida. PloS one 12: e0185482

Lahesaare, A., H. Ainelo, A. Teppo, M. Kivisaar, H.J. Heipieper & R. Teras, (2016) LapF and Its Regulation by Fis Affect the Cell Surface Hydrophobicity of Pseudomonas putida. PloS one 11: e0166078

Teras, Riho (2019). Bakterite planeet - biokile planeet. Eesti Loodus, 10, 54−58.

Mikrobioloogia tutvustamine põhikoolilastele (2020 Võhma põhikool, 2021 TÜMRIs)

Teadmussiirdedoktorantuur

Teadmussiirdedoktorantuur on rikastav kogemus nii ülikoolile kui ka ettevõttele

Ameerika bioloogist Martin Farleyst sai 2013. aastal Ühendkuningriigi ja Euroopa esimene kutseline kestliku labori ekspert, konsultant ja avalik kõneleja.

Head teadust saab teha planeeti kahjustamata

Elin Org, portree

JÄRELVAATA: mikrobioomika professor Elin Org räägib inauguratsiooniloengul mikrobioomi uuringutest