Ettevõtetega koostöös otsitakse võimalusi veremürgituse kiiremaks diagnoosimiseks
Ettevõtluse Arendamise Sihtasutuse ja Kredexi ühendasutus rahastas hiljuti 1,3 miljoni euro mahus TÜMRI teadlaste osalusega uuringuprojekti, mis otsib uusi innovaatilisi võimalusi sepsise diagnostikaks.
Teadusasutused teevad aina rohkem koostööd ettevõtjatega rakendusuuringute ja tootearenduse toetamiseks, et anda panus uute teadmiste rakendamisesse ja majanduse elavdamisesse. Kolmeaastast uuringuprojekti „Test mikroobide identifitseerimiseks rakuvabast DNAst sepsisega patsientidel“ (akronüüm SCANS) juhib Tervisetehnoloogiate Arenduskeskus AS, partnerid on Tartu Ülikool, SYNLAB Eesti OÜ ja SA Tartu Ülikooli Kliinikum.
Veremürgitus ehk sepsis on potentsiaalselt eluohtlik süsteemne põletikulise reaktsiooni sündroom, mida põhjustab raske infektsioon. Euroopas sureb sepsisesse aastas 3 miljonit inimest. Sepsisega võivad lõppeda nii kopsupõletik, meningiit, nahakahjustus kui näiteks ka COVID-19 infektsioon. Väga oluline on sepsise kiire ja täpne äratundmine ning kohene raviga alustamine. Tavapäraste mikrobioloogiliste meetodite kasutamisel jääb kuni 50% juhtudel tegelik sepsist põhjustav patogeen tuvastamata.
SCANS projekti eesmärgiks on arendada välja diagnostiline test, mis võimaldaks inimese veres ringlevast rakuvabast DNAst identifitseerida patogeenid ja võimalusel määrata ka nende patogeenide antimikroobse resistentsuse profiil. Test on ennekõike mõeldud sepsisega patsientide analüüsiks aeg-kriitilistes olukordades, kuid võib leida tulevikus rakendust ka muudel patsiendigruppidel, näiteks krooniliste haiguste tekkepõhjuste tuvastamisel.
Koostööprojekti võtmeelemendiks on sepsisega patsientidelt kogutud vereproovid, millest eraldatakse rakuvaba DNA ja samade patsientide verest tehakse paralleelselt mikrobioloogiline väljakülv. Mikrobioloogiline väljakülv toimib antud uuringus positiivse kontrollina, mille abil on võimalik hinnata erinevate arvutusmeetodite võimet tuvastada haigust tekitavaid mikroobe (sh bakterid, seened, viirused) otse rakuvabast DNAst. Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudi biotehnoloogia õppetoolis optimeeritakse koostöös Tervisetehnoloogiate Arenduskeskusega mikroobse rakuvaba DNA eraldamise ja sekveneerimise meetodeid. Sama instituudi bioinformaatika õppetool arendab välja arvutusmeetodid patogeenide tuvastamiseks ning nende antimikroobse resistentsuse määramiseks otse rakuvaba DNA järjestustest.
Arvutusmeetodite poole pealt on kõige keerulisemaks ülesandeks antimikroobse resistentsuse tuvastamine. See on rakuvaba DNA analüüsimisel siiani osutunud keeruliseks, kuna patogeeni DNA-d on nendes proovides väga väikeses koguses. Loodame, et meie töögrupis arendatavad järjestuste analüüsi meetodid võimaldavad selle probleemi lahendada.
Loodav diagnostilise test on uudne võrreldes praegu kasutusel olevate meetoditega, kuna tegemist on hüpoteesivaba lähenemisega patogeenide tuvastamisele. Kogu rakuvaba DNA analüüs võimaldab tuvastada sealt kõikide potentsiaalselt ohtlike mikroobide järjestused ja ei ole piiratud paari üksiku liigi tuvastamisega nagu tavalistes mikrobioloogilistes või molekulaarsetes testides. Selline lähenemine aitab loodetavasti määrata patsientidele kiirema ja täpsema ravi.
Käesoleva uuringu käigus tehakse kõigile kaasatud patsientide klassikalised mikrobioloogilised testid ning paralleelselt samast vereproovist ka meie poolt pakutav rakuvaba DNA uuring. See võimaldab võrrelda ja hinnata valitud meetodi täpsust ja usaldusväärsust.
Siiani on eelkatsed kulgenud kenasti. Kavandatav rakendusuuring võimaldab kontrollida meetodi kasutatavust rohkemate patsientide peal.
Projekt algas käesoleva aasta oktoobris ning kestab 2026. aasta septembrini.
Projekti rahastati Ettevõtluse Arendamise Sihtasutuse ja Kredexi poolt hallatavast rakendusuuringute programmist.
