Mari Tagel kaitseb doktoritööd „Finding novel factors affecting the mutation frequency: a case study of tRNA modification enzymes TruA and RluA“

29. novembril kell 10.15 kaitseb Mari Tagel molekulaarbioloogia erialal doktoritööd „Finding novel factors affecting the mutation frequency: a case study of tRNA modification enzymes TruA and RluA“ („Mutatsioonisagedust mõjutavate tegurite otsinguil: tRNA modifikatsiooniensüümid TruA ja RluA mutatsiooniprotsessides“).

Juhendajad:
professor Maia Kivisaar, Tartu Ülikool
emeriitprofessor Jaanus Remme, Tartu Ülikool
teadur Heili Ilves, Tartu Ülikool

Oponent:
dr Ivan Matic, Institut Cochin (Prantsusmaa)

Image

Kokkuvõte
Bakterid suudavad elada kõikjal, kuid karmide ja muutlike keskkonnatingimustega kohanemiseks on aga vaja geneetilist varieeruvust. Bakterites on selle põhiliseks allikaks mutatsioonid. Evolutsiooni mõistmiseks on vaja selgitada molekulaarseid mehhanisme, mis mõjutavad mutatsioonide tekkesagedust. Käesolevas töös kirjeldasin ja analüüsisin uut testsüsteemi, mis võimaldab tuvastada mutatsioonisagedust mõjutavaid faktoreid bakteriperekonnas Pseudomonas. Kirjeldatud testsüsteemi abil õnnestus mullabakteris Pseudomonas putida tuvastada nii varem kirjeldatud kui ka uusi mutatsioonisagedust mõjutavaid geene. Üllatavaim leid oli tRNA modifikatsiooniensüümide TruA ja RluA mõju mutatsioonisagedusele. tRNAd on väikesed molekulid, mis valgusünteesil kannavad valkude ehituskive ribosoomi. Selleks, et paremini oma funktsiooni täita, on paljud nukleotiidid tRNAdes modifitseeritud. Modifikatsioonidel võib olla palju ülesandeid, näiteks aitavad modifikatsioonid tRNAdel saavutada õiget struktuuri või suurendavad translatsiooni täpsust. TruA ja RluA modifitseerivad U nukleotiidi pseudouridiiniks, tehes seda erineval poolel tRNA antikoodonist. Näitasime, et TruA ja RluA tehtud modifikatsioonide puudumisel suureneb P. putidas mutatsioonisagedus. Mõistmaks paremini nende ensüümide olulisust, analüüsisime translatsiooni täpsust, stressi taluvust, proteoomi ja üldist elulemust P. putida TruA ja RluA defektsetes tüvedes. Lisaks sellele selgitasime võrdlevalt TruA ja RluA rolle ka Pseudomonas aeruginosa ja Escherichia coli rakkudes. Saadud tulemustest on näha, kuidas konserveerunud funktsiooniga valgud võivad põhjustada erinevates bakterites erinevaid fenotüüpe. Samuti ilmestab käesolev töö, kuivõrd mitmekesised ja ootamatud tegurid võivad mõjutada DNAs mutatsioonide teket.
 

Kaitsmist saab jälgida ka Zoomis aadressil https://ut-ee.zoom.us/j/91922663983?pwd=aFFXbGhUSG1zcDh6N1R0TkVjNVJOdz09 (kohtumise ID: 919 2266 3983, pääsukood: 021155).