-
Humanitaarteaduste ja kunstide valdkondHumanitaarteaduste ja kunstide valdkonna dekanaatJakobi 2, r 116-121 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Ajaloo ja arheoloogia instituutJakobi 2 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Eesti ja üldkeeleteaduse instituutJakobi 2, IV korrus 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Filosoofia ja semiootika instituutJakobi 2, III korrus, ruumid 302-337 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Kultuuriteaduste instituutÜlikooli 16 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Maailma keelte ja kultuuride instituutLossi 3 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0UsuteaduskondÜlikooli 18 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Viljandi kultuuriakadeemiaPosti 1 71004 Viljandi linn, Viljandimaa EST0Humanitaarteaduste ja kunstide valdkonna emeriitprofessorid0Humanitaarteaduste ja kunstide valdkonna emeriitdotsendid0Sotsiaalteaduste valdkondSotsiaalteaduste valdkonna dekanaatLossi 36 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Haridusteaduste instituutJakobi 5 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Johan Skytte poliitikauuringute instituutLossi 36, ruum 301 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0MajandusteaduskondNarva mnt 18 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Psühholoogia instituutNäituse 2 50409 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0ÕigusteaduskondNäituse 20 - 324 50409 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Ühiskonnateaduste instituutLossi 36 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Narva kolledžRaekoja plats 2 20307 Narva linn, Ida-Virumaa EST0Pärnu kolledžRingi 35 80012 Pärnu linn, Pärnu linn, Pärnumaa EST0Sotsiaalteaduste valdkonna emeriitprofessorid0Sotsiaalteaduste valdkonna emeriitdotsendid0Meditsiiniteaduste valdkondMeditsiiniteaduste valdkonna dekanaatRavila 19 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTBio- ja siirdemeditsiini instituutBiomeedikum, Ravila 19 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTFarmaatsia instituutNooruse 1 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTHambaarstiteaduse instituutL. Puusepa 1a 50406 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTKliinilise meditsiini instituutL. Puusepa 8 50406 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTPeremeditsiini ja rahvatervishoiu instituutRavila 19 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTSporditeaduste ja füsioteraapia instituutUjula 4 51008 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTMeditsiiniteaduste valdkonna emeriitprofessorid0Meditsiiniteaduste valdkonna emeriitdotsendid0Loodus- ja täppisteaduste valdkondLoodus- ja täppisteaduste valdkonna dekanaatVanemuise 46 - 208 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTArvutiteaduse instituutNarva mnt 18 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTGenoomika instituutRiia 23b/2 51010 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTEesti mereinstituutMäealuse 14 12618 Tallinn, Harjumaa EST0Füüsika instituutKeemia instituutRavila 14a 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Matemaatika ja statistika instituutNarva mnt 18 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Molekulaar- ja rakubioloogia instituutRiia 23, 23b - 134 51010 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTTartu observatooriumObservatooriumi 1 61602 Tõravere alevik, Nõo vald, Tartumaa EST0TehnoloogiainstituutNooruse 1 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÖkoloogia ja maateaduste instituutJ. Liivi tn 2 50409 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTLoodus- ja täppisteaduste valdkonna emeriitprofessorid0Loodus- ja täppisteaduste valdkonna emeriitdotsendid0Bioinseneeria instituutNooruse 1 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTAkadeemilise sekretäri tegevusvaldkondPersonaliosakondUppsala 6, Lossi 36 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Finantsjuhi tegevusvaldkondRahandusosakondJakobi 4 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Kantsleri tegevusvaldkondInfotehnoloogia osakondUppsala 10 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0KantseleiÜlikooli 17 (III korrus) 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Kinnisvaraosakond0Turundus- ja kommunikatsiooniosakondÜlikooli 18, ruumid 102, 104, 209, 210 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Teadusprorektori tegevusvaldkondTartu Ülikooli raamatukoguW. Struve 1 50091 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0GrandikeskusRaekoja plats 9, III korrus 51004 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTArendusprorektori tegevusvaldkondEttevõtlus- ja innovatsioonikeskusNarva mnt 18 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Loodusmuuseum ja botaanikaaedVanemuise 46 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Rahvusvahelise koostöö ja protokolli osakond0MuuseumLossi 25 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Rektori tegevusvaldkondRektoraadi bürooÜlikooli 18 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTSiseauditi bürooÕppeprorektori tegevusvaldkondÕppeosakondTeaduskoolUppsala 10 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Üliõpilaskonna bürooÜlikooli 18b 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Õppimis- ja õpetamiskeskusLossi 36-401 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST
Ribosoomi, RNA modifikatsioonide ja valgusünteesi uurimisgrupp
Valgusünteesi alused
Rbosoomide RNA modifikatsioonid ribosoomide funktsioneerimisel
peptiidsideme süntees
peptidüültransferaasne tsenter (PTC)
Kasutame soolekepikese Escherichia coli ribosoomi mudelina, et uurida ribosoomi struktuuri ja funktsioonide vahelisi seoseid valgusünteesi üldisi aluseid. Analüüsime ribosoomi erinevate osade tähtsust valkude sünteesi eri etappidel aga ka ribosoomide biosünteesi ja lagundamist. Praegu oleme keskendunud ribosoomide RNA modifikatsioonide uurimisele ribosoomide funktsioneerimisel. Erilist tähelepanu pöörame neile 23S rRNA modifikatsioonidele, mis paiknevad ribosoomi peptiidsideme sünteesi keskuse (PTC) lähedal domeenis V. Selles piirkonnas paiknevad pooled 23S rRNA modifitseeritud nukleotiididest ehk 13 modifikatsiooni 25st.
Konstrueerisime E. coli tüve, milles puuduvad 12 modifitseeritud nukleotiidi 23S domeenis V. See tüvi (del10, puuduvate geenide arvu järgi), on küll eluvõimeline, kuid seda vaid optimaalsetes kasvutingimustes. Siit võime järeldada, et rRNA modifikatsioonide mõju liitub st on aditiivse iseloomuga. del10 tüve ribosoomidel toimub peptiidsideme süntees märgatavalt aeglasemalt võrreldes metsiktüübi ribosoomidega, mis näitab esmakordselt rRNA modifikatsioonide tähtsust peptiidsideme sünteesi katalüüsil. Teisest küljest annab del10 tüve aeglane kasv ja suur fenotüübiline mõju võimaluse uurida üksikute modifikatsioonide tähtsust ribosoomi erinevates funktsioonides. Kasutame üksiku modifikatsioonigeeni sisseviimist del10 tüve genoomi ja järgnevat fenotüübilist analüüsi. Selline metoodika on osutunud väga viljakaks ja oleme saanud rea uusi tulemusi üksikute rRNA modifikatsioonide tähtsuse kohta nii valgusünteesil in vivo, bakterite külma- ja antibiootikumide talumisel, ribosoomide biogeneesil ja teistes elutähtsates protsessides. PTC modifikatsioonide osa ribosoomi struktuuris analüüsime koostöös prof. M. Selmeri grupiga Uppsala Ülikoolist.
Päises kasutatud skeem: Ribosoomi suur alaühik, kus on välja toodud A ja P tRNA-d ning modifitseeritud nukleotiidid PTC-s ning graafik erinevatest bakteri kasvumääradest sõltuvalt deleteeritud modifikatsioonide tagasipanekust (autor: Jaanus Remme)
- Bao, L., Liljeruhm, J., Crespo Blanco, R., Brandis, G., Remme, J., Forster, A.C. Translational impacts of enzymes that modify ribosomal RNA around the peptidyl transferase centre. RNA Biol, 21(1):31-41
- Reier, K., Liiv, A., Remme, J. SILAC analysis of Escherichia coli proteome during progression of growth from exponential to prolonged stationary phase. Microbiol Resour Announc. 2024 Jun 11;13(6)
- Ero, R., Leppik, M., Reier, K., Liiv, A., Remme, J. (2024). Ribosomal RNA modification enzymes stimulate large ribosome subunit assembly in E. coli. Nucleic Acids Research, 2024, gkae222
- Reier, K., Liiv, A. ja Remme, J. (2023) Ribosome Protein Composition Mediates Translation during the E. coli Stationary Phase. International Journal of Molecular Sciences 24, no. 4: 3128
- Jürgenstein, K., Tagel, M., Ilves, H., Leppik, M., Kivisaar, M., and Remme, J. (2022) Variance in translational fidelity of different bacterial species is affected by pseudouridines in the tRNA anticodon stem-loop. RNA Biology, 19, 1050-1058
- Reier, K., Lahtvee, P-J., Liiv, A., Remme, J. (2022) A Conundrum of r-Protein Stability: Unbalanced Stoichiometry of r-Proteins during Stationary Phase in Escherichia coli. mBio 13, (5) e01873-22
- Liljeruhm, J., Leppik, M., Bao, L., Truu, T., Noriega, M.C., Freyer, M.S., Liiv, A., Wang, J., Blanco, R.C., Ero, R., Remme, J., and Forster, A.C (2022) Plasticity and conditional essentiality of modification enzymes for domain V of Escherichia coli 23S ribosomal RNA. RNA 28, 796-807
- Datta, M., Pillai, M., Modak, M. J., Liiv, A., Khaja, F. T., Hussain, T., Remme, J., & Varshney, U. (2021). A mutation in the ribosomal protein uS12 reveals novel functions of its universally conserved PNSA loop. Molecular microbiology, 115(6), 1292–1308
Novaator: Kuidas panna kokku elus masin? Tartu Ülikooli teadlased teavad vastust
Uudishimu tippkeskus (ERR): Kuidas katku ajal paremat pidu pidada?
Postimees: Rekordkiired vaktsiinid on vaid murdosa uue biotehnoloogia lubadustest
Novaator: Vaktsiinist vähiravimini: TÜ teadlased katsetavad mRNA potentsiaali