Dr Zeynep Baharoglu omandas 2008. aastal Sorbonne'i Ülikoolis doktorikraadi mikroobigeneetikas, uurides bakterite geneetikat ja DNA replikatsiooni käigus tekkinud konfliktide lahendamist. Seejärel töötas ta aastatel 2008–2013 järeldoktorina Pasteuri Instituudis (Institut Pasteur), keskendudes horisontaalsele geeniülekandele ja bakterite stressivastustele.
Praegu on Baharoglu Pasteuri Instituudi teadusdirektor ning juhib antimikroobsele stressile reageerimise epitranskriptoomiliste mehhanismide uurimisrühma (Pasteuri Instituut ja CNRS IBPC). Uurimisrühma töö keskendub sellele, kuidas RNA modifikatsioonid ja epitranskriptoomilised mehhanismid on seotud bakterite kohanemisel stressiga.