Meie üldine eesmärk on arendada arvutusalgoritme genoomijärjestuste usaldusväärseks ja kiireks analüüsiks. Mõned näited:
* antimikroobse resistentsuse ennustamine ja plasmiidide tuvastamine bakterikoloonia DNA järjestusest [1,2];
* mikroobsete patogeenide DNA tuvastamine inimese verest (rakuvaba DNA fraktsioonist), reoveest või muudest allikatest;
* haruldaste ja väheuuritud variatsioonide leidmine (Alu-elemendid, endogeensed retroviirused, rRNA geenide koopia arv, jms.) inimeste personaalsetest genoomi järjestustest [3,4];
* toidu koostise ja päritolu määramine toidus leiduva DNA abil [5].
Kaugemas plaanis soovime luua täieliku komplekti tarkvara ja ennustusmudeleid, mis võimaldaksid täpsemalt jälgida meid ümbritsevat keskkonda sh. meid ümbritsevaid patogeene, inimese mikrobioomi ja meie toitu.