Biotehnoloogia uurimisgrupp

Meie praeguse uurimistöö fookus on DNA koopiaarvu muutuste rolli selgitamine naiste viljatuse ja reproduktiiv vananemise kontekstis ning imetaja varase embrüo kromosomaalse ebastabiilsuse põhjuste selgitamine kasutades veise IVF embrüo mudelit. Lisaks arendame ja rakendame uusi meetodeid nii funktsionaalse transkriptoomika kui ka genoomi editeerimise ning epigeneetiliste muutuste uurimiseks vähesest hulgast embrüo- ja tüvirakkudest.  
Koostöös Genoomika, Evolutsiooni ja Meditsiini Keskusega (cGEM) kasutame funktsionaalse genoomika meetodeid, et uurida kuidas DNA polümorfismid mõjutavad fenotüübilist variatsiooni. Ühe mudelsüsteemina plaanime kasutada pluripotentseid tüvirakke. Oleme edukalt katsetanud protokolli, mis võimaldab luua indiviidi spetsiifilisi rakuliine. Need rakud on iseuuenevad, pluripotentsed ja võimaldavad seega modelleerida erinevaid kudesid ning haiguseid. Samaaegselt töötame välja suure läbilaskevõimega meetodeid nagu massiliselt paralleelne reporter analüüs (MPRA), mis võimaldab uurida tuhandete genoomse regioonide regulatoorset aktiivsust samaaegselt.

Päises kasutatud pilt: hiire embrüod (autor: Baris Yasar, doktorant)

  1. Essers, Rick & Lebedev, Igor & Kurg, Ants & Fonova, Elizaveta & Stevens, Servi & Koeck, Rebekka & Rango, Ulrike & Brandts, Lloyd & Deligiannis, Spyridon-Panagiotis & Nikitina, Tatiana & Sazhenova, E. & Tolmacheva, Ekaterina & Kashevarova, Anna & Fedotov, Dmitry & Demeneva, Viktoria & Zhigalina, Daria & Drozdov, Gleb & Al-Nasiry, Salwan & Macville, Merryn & Zamani Esteki, Masoud. (2023). Prevalence of chromosomal alterations in first-trimester spontaneous pregnancy loss. Nature Medicine. 29. DOI:10.1038/s41591-023-02645-5

  2. Krigul KL, Aasmets O, Lüll K, Org T, Org E. Using fecal immunochemical tubes for the analysis of the gut microbiome has the potential to improve colorectal cancer screening. Sci Rep. 2021 Oct 1;11(1):19603. doi: 10.1038/s41598-021-99046-w

  3. Rooda I, Hensen K, Kaselt B, Kasvandik S, Pook M, Kurg A, Salumets A, Velthut-Meikas A. Target prediction and validation of microRNAs expressed from FSHR and aromatase genes in human ovarian granulosa cells. Sci Rep. 2020 Feb 10; 10(1):2300. doi: 10.1038/s41598-020-59186-x

  4. Hensen K, Pook M, Sikut A, Org T, Maimets T, Salumets A, Kurg A. Utilising FGF2, IGF2 and FSH in serum-free protocol for long-term in vitro cultivation of primary human granulosa cells. Mol Cell Endocrinol. 2020 Apr 12:110816. doi: 10.1016/j.mce.2020.110816

  5. Zamani Esteki M, Viltrop T, Tšuiko O, Tiirats A, Koel M, Nõukas M, Žilina O, Teearu K, Marjonen H, Kahila H, Meekels J, Söderström-Anttila V, Suikkari AM, Tiitinen A, Mägi R, Kõks S, Kaminen-Ahola N, Kurg A, Voet T, Vermeesch JR, Salumets A. In vitro fertilization does not increase the incidence of de novo copy number alterations in fetal and placental lineages. Nat Med. 2019 Nov 4. doi: 10.1038/s41591-019-0620-2

  6. Org T, Hensen K, Kreevan R, Mark E, Sarv O, Andreson R, Jaakma Ü, Salumets A, Kurg A. Genome-wide histone modification profiling of inner cell mass and trophectoderm of bovine blastocysts by RAT-ChIP. PLoS One. 2019 Nov 25;14(11):e0225801. doi: 10.1371/journal.pone.0225801

Rändav bioklass (täiendamisel)

Vaade laboris

Teadus- ja arendusprojektid

MR mere foto (Jaak Truu)

Keskkonna mikrobioloogia ja biotehnoloogia uurimisgrupp

Jaan Vihalemm

Teadmussiirdedoktorant ühendab töö ja õpingud