-
Humanitaarteaduste ja kunstide valdkondHumanitaarteaduste ja kunstide valdkonna dekanaatJakobi 2, r 116-121 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Ajaloo ja arheoloogia instituutJakobi 2 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Eesti ja üldkeeleteaduse instituutJakobi 2, IV korrus 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Filosoofia ja semiootika instituutJakobi 2, III korrus, ruumid 302-337 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Kultuuriteaduste instituutÜlikooli 16 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Maailma keelte ja kultuuride instituutLossi 3 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0UsuteaduskondÜlikooli 18 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Viljandi kultuuriakadeemiaPosti 1 71004 Viljandi linn, Viljandimaa EST0Humanitaarteaduste ja kunstide valdkonna emeriitprofessorid0Humanitaarteaduste ja kunstide valdkonna emeriitdotsendid0Sotsiaalteaduste valdkondSotsiaalteaduste valdkonna dekanaatLossi 36 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Haridusteaduste instituutJakobi 5 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Johan Skytte poliitikauuringute instituutLossi 36, ruum 301 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0MajandusteaduskondNarva mnt 18 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Psühholoogia instituutNäituse 2 50409 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0ÕigusteaduskondNäituse 20 - 324 50409 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Ühiskonnateaduste instituutLossi 36 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Narva kolledžRaekoja plats 2 20307 Narva linn, Ida-Virumaa EST0Pärnu kolledžRingi 35 80012 Pärnu linn, Pärnu linn, Pärnumaa EST0Sotsiaalteaduste valdkonna emeriitprofessorid0Sotsiaalteaduste valdkonna emeriitdotsendid0Meditsiiniteaduste valdkondMeditsiiniteaduste valdkonna dekanaatRavila 19 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTBio- ja siirdemeditsiini instituutBiomeedikum, Ravila 19 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTFarmaatsia instituutNooruse 1 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTHambaarstiteaduse instituutL. Puusepa 1a 50406 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTKliinilise meditsiini instituutL. Puusepa 8 50406 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTPeremeditsiini ja rahvatervishoiu instituutRavila 19 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTSporditeaduste ja füsioteraapia instituutUjula 4 51008 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTMeditsiiniteaduste valdkonna emeriitprofessorid0Meditsiiniteaduste valdkonna emeriitdotsendid0Loodus- ja täppisteaduste valdkondLoodus- ja täppisteaduste valdkonna dekanaatVanemuise 46 - 208 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTArvutiteaduse instituutNarva mnt 18 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTGenoomika instituutRiia 23b/2 51010 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTEesti mereinstituutMäealuse 14 12618 Tallinn, Harjumaa EST0Füüsika instituutKeemia instituutRavila 14a 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTMatemaatika ja statistika instituutNarva mnt 18 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Molekulaar- ja rakubioloogia instituutRiia 23, 23b - 134 51010 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTTartu observatooriumObservatooriumi 1 61602 Tõravere alevik, Nõo vald, Tartumaa EST0TehnoloogiainstituutNooruse 1 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÖkoloogia ja maateaduste instituutJ. Liivi tn 2 50409 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTLoodus- ja täppisteaduste valdkonna emeriitprofessorid0Loodus- ja täppisteaduste valdkonna emeriitdotsendid0Akadeemilise sekretäri tegevusvaldkondPersonaliosakondUppsala 6, Lossi 36 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Finantsjuhi tegevusvaldkondRahandusosakondJakobi 4 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Kantsleri tegevusvaldkondInfotehnoloogia osakondUppsala 10 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0KantseleiÜlikooli 17 (III korrus) 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Kinnisvaraosakond0Turundus- ja kommunikatsiooniosakondÜlikooli 18, ruumid 102, 104, 209, 210 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Õppeprorektori tegevusvaldkondÕppeosakondTeaduskoolUppsala 10 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÜliõpilaskonna bürooÜlikooli 18b 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Õppimis- ja õpetamiskeskusLossi 36-401 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTTeadusprorektori tegevusvaldkondRaamatukoguW. Struve 1 50091 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTGrandikeskusRaekoja plats 9, III korrus 51004 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTArendusprorektori tegevusvaldkondEttevõtlus- ja innovatsioonikeskusNarva mnt 18 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Loodusmuuseum ja botaanikaaedVanemuise 46 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Rahvusvahelise koostöö ja protokolli osakond0MuuseumLossi 25 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Rektori tegevusvaldkondRektoraadi bürooÜlikooli 18 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTSiseauditi büroo
Kairi Raime kaitseb doktoritööd
Kolmapäeval, 25. augustil kell 11.15 kaitseb Tartu Ülikooli geenitehnoloogia eriala doktorant Kairi Raime doktoritööd teemal "The identification of plant DNA in metagenomic samples" (Taimede DNA tuvastamine metagenoomsetest proovidest).
Kaitsmine toimub Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti Biokeskuse auditoorium) ja videosillas.
Kaitsmise jälgimine videosilla vahendusel:
Meeting ID: 964 1000 1692
Passcode: 632577
Kairi Raime on täitnud geenitehnoloogia doktoriõppekava ning tema doktoritööga saab tutvuda DSpace'is.
Juhendaja: TÜ professor Maido Remm
Oponent: Filipe Pereira, PhD (Coimbra Ülikool, Portugal)
Doktoritöö kokkuvõte:
Toit sisaldab DNA jälgi taimedest, loomadest ja mikroorganismidest, mida on selle valmistamisel kasutatud või millega toit on kokku puutunud. DNA analüüs võimaldab tuvastada usaldusväärselt toidus olevaid komponente ja nende bioloogilist päritolu, mis omakorda võimaldab tuvastada inimese tervise seisukohast olulisi toidu koostisosi ja võltsinguid. Doktoritöö keskendub toidus olevate taimsete allergeenide DNA põhise tuvastamise metoodika arendamisele kasutades tänapäevast DNA sekveneerimise tehnoloogiat. Toidus olevate taimsete komponentide DNA analüüs eeldab taimegenoomide eripärade arvestamist ja unikaalsete genoomipiirkondade tuvastamist laboris. Toidu DNA analüüsiks kasutatavate PCR-põhiste meetodite puhul kasutatakse valitud liigi või organismirühma tuvastamiseks eelnevalt disainitud spetsiifilisi PCR praimereid. Samas võivad taimede genoomid sisaldada hulganisti praimerite disainiks sobimatuid kordusjärjestustustega genoomiregioone. Doktoritöö raames rakendati primer3_masker programmi taimede genoomide kordusjärjestustuste analüüsiks, et tuvastada veelgi täpsemalt taimede eristamiseks sobivaid genoomiregioone. Paljude erinevate taimede tuvastamine töödeldud toidust on kulutõhusam kasutades teise põlvkonna DNA sekveneerimise tehnoloogiat ja efektiivsemaid andmeanalüüsi meetodeid. Doktoritöö käigus töötati välja unikaalne bioinformaatiline metoodika taimede tuvastamiseks, mille käigus analüüsitakse kogu toidus leiduvat DNA-d. Huvipakkuvate taimede tuvastamiseks kasutatakse sadu lühikesi ja spetsiifilisi plastiidi genoomist pärit DNA järjestusi ehk k-meere. Lühikeste k-meeride rakendamine võimaldab taimede tuvastamist ka töödeldud toidust, milles on DNA lagunenud lühikesteks fragmentideks.