-
humanitaarteaduste ja kunstide valdkondJakobi 2, r 116-121, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTJakobi 2, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTJakobi 2, IV korrus, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTJakobi 2, III korrus, ruumid 302-337, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÜlikooli 16, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÜlikooli 18, 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTLossi 3, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTPosti 1, 71004 Viljandi linn, Viljandimaa ESTJakobi 2, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTJakobi 2, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTsotsiaalteaduste valdkondLossi 36, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTJakobi 5, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTLossi 36, ruum 301, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNarva mnt 18, 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNäituse 2, 50409 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNäituse 20 - 118, 50409 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTLossi 36, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTRaekoja plats 2, 20307 Narva linn, Ida-Virumaa ESTRingi 35, 80012 Pärnu linn, Pärnu linn, Pärnumaa ESTLossi 36, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTLossi 36, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTmeditsiiniteaduste valdkondRavila 19, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTBiomeedikum, Ravila 19, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNooruse 1, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTL. Puusepa 1a, 50406 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTL. Puusepa 8, 50406 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTRavila 19, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTUjula 4, 51008 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTRavila, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTRavila 19, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTloodus- ja täppisteaduste valdkondVanemuise 46 - 208, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNarva mnt 18, 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTMäealuse 14, 12618 Tallinn, Harjumaa ESTRavila 14a, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNarva mnt 18, 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTRiia 23, 23b - 134, 51010 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTObservatooriumi 1, 61602 Tõravere alevik, Nõo vald, Tartumaa ESTNooruse 1, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTJ. Liivi tn 2, 50409 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNooruse 1, 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTRiia 23b/2, 51010 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTVanemuise 46, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTVanemuise 46, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTrektori tegevusvaldkondÜlikooli 18, 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTõppeprorektori tegevusvaldkondUppsala 10, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÜlikooli 18b, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÜlikooli 18a (III korrus), 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTteadusprorektori tegevusvaldkondW. Struve 1, 50091 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTkantsleri tegevusvaldkondUppsala 10, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÜlikooli 18, ruumid 102, 104, 209, 210, 50090 Tartu linn, , Tartu linn, Tartumaa , ESTÜlikooli 18A (III korrus), 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTfinantsjuhi tegevusvaldkondJakobi 4, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÜlikooli 17, 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTarendusprorektori tegevusvaldkondÜlikooli 18, ruum 305, 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTLossi 25, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTVanemuise 46, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTNarva mnt 18, 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTakadeemilise sekretäri tegevusvaldkondUppsala 6, Lossi 36, 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST
• DNA helikaaside struktuur ja funktsioonid
Pärm Saccharomyces cerevisiae
Mitokondriaalse DNA topoloogia ja stabiilne pärandumine
Mitokondriaalsed DNA helikaasid
Pärmi mitokondri uurimisgrupp
Mitokondrid on organellid, millel on oma genoomne DNA. Meid huvitab see, milliste mehhanismide abil mitokondriaalne genoom rakutsüklivältel paljundatakse. Püüame aru saada, millised muutused DNA molekulide struktuuris toimuvad sünteesi käigus ning kuidas on seotud mitokondriaalse DNA replikatsioon ja rekombinatsioon. Samuti huvitavad meid ensüümid, mis osalevad mitokondriaalse DNA metabolismis- DNA polümeraas, ,mis sünteesib mitokondriaalse DNA; nukleaasid, mida vajatakse DNA stabiilsuse tagamiseks ja helikaasid, mis on nukleiinhappe struktuuri moduleerivad mootorensüümid.
Mitokondriaalse DNA topoloogia ja stabiilse pärandumise analüüs
Meie rühma analüüsi tulemusel on selgunud, et mitokondriaalne DNA moodustab pärmides keerukaid kõrgemat järku võrkstruktuure ning ei ole kirjeldatav õpikutes kujutatud lihtsate rõngasstruktuuridega. Meie andmed näitavad, et sellised DNA struktuurid tekivad tõenäoliselt rekombinatsiooni tagajärjel ja pärmide mitokondrites puuduvad spetsiifilised DNA sünteesi initsiatsiooni-struktuurid, mis peaksid esinema RNA praimerite kasutamise korral.
S. cerevisiae mudelorganism võimaldab meil analüüsida süstemaatiliselt erinevate ensüümide mõju mitokondriaalse DNA stabiilsusele, sest pagaripärm võib kasvada ka ilma funktsionaalse hingamisahelata. Oleme konstrueerinud pärmitüved, kus RNA süntees mitokondrites on välja lülitatud, võimaldades identifitseerida rekombinatsioonilises DNA sünteesis olulisi faktoreid.
Mitokondriaalsete DNA helikaaside funktsioon
DNA replikatsioonil osaleb erinevates süsteemides reeglina mootorensüüm DNA helikaas, mille ülesanne on ahelate lahti harutamine. Meie labori töö tulemusel on identifitseeritud kaks DNA helikaasi mitokondris, ent on selgunud ka, et klassikaline replikatiivne helikaas pärmi mitokondrites nähtavasti puudub. Mitokondriaalsete DNA helikaaside funktsioonaalseks analüüsiks kasutame kombineeritult eksperimente puhastatud valkudega ja in vivo analüüsi. Nii oleme näidanud, et nendel ensüümidel on spetsiifika hargnenud ahelaga DNA molekulide suhtes, mis viitab nende rollile rekombinatiivsetes protsessides.
- Nayak, A.R., Sokolova, V., Sillamaa, S., Sedman, J. et al. (2025). Structural basis for intrinsic strand displacement activity of mitochondrial DNA polymerase. Nat Commun 16, 2417. https://doi.org/10.1038/s41467-025-57594-z
- Sillamaa, S., Piljukov, V. J., Vaask, I., Sedman, T., Jõers, P., & Sedman, J. (2023). UvrD-like helicase Hmi1 Has an ATP independent role in yeast mitochondrial DNA maintenance. DNA repair, 132, 103582. https://doi.org/10.1016/j.dnarep.2023.103582
- Tarrés-Solé, A., Battistini, F., Gerhold, J. M., Piétrement, O., Martínez-García, B., Ruiz-López, E., Lyonnais, S., Bernadó, P., Roca, J., Orozco, M., Le Cam, E., Sedman, J., & Solà, M. (2023). Structural analysis of the Candida albicans mitochondrial DNA maintenance factor Gcf1p reveals a dynamic DNA-bridging mechanism. Nucleic acids research, 51(11), 5864–5882. https://doi.org/10.1093/nar/gkad397
- Piljukov, V. J., Sillamaa, S., Sedman, T., Garber, N., Rätsep, M., Freiberg, A., & Sedman, J. (2023). Mitochondrial Irc3 helicase of the thermotolerant yeast Ogataea polymorpha displays dual DNA- and RNA-stimulated ATPase activity. Mitochondrion, 69, 130–139.
- Piljukov VJ, Garber N, Sedman T, Sedman J.(2020) Irc3 is a monomeric DNA branch point-binding helicase in mitochondria of the yeast Saccharomyces cerevisiae. FEBS Lett. 594(19):3142-3155.
- Sedman T, Garber N, Gaidutšik I, Sillamaa S, Paats J, Piljukov VJ, Sedman J. (2017) Mitochondrial helicase Irc3 translocates along double-stranded DNA. FEBS Lett. 591(23):3831-3841.
- Wanrooij PH, Engqvist MKM, Forslund JME, Navarrete C, Nilsson AK, Sedman J, Wanrooij S, Clausen AR, Chabes (2017) Ribonucleotides incorporated by the yeast mitochondrial DNA polymerase are not repaired. Proc Natl Acad Sci U S A. ;114(47):12466-12471.
- Gaidutšik I, Sedman T, Sillamaa S, Sedman J (2016) Irc3 is a mitochondrial DNA branch migration enzyme. Sci Rep. 6:26414.
- Sedman T, Gaidutšik I, Villemson K, Hou Y, Sedman J. (2014) Double-stranded DNA-dependent ATPase Irc3p is directly involved in mitochondrial genome maintenance. Nucleic Acids Res. 42(21):13214-27.
